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데이터베이스
2차 데이터베이스란?
생명정보학에서 1차 데이터베이스라 함은, 실험을 통하여 직접 생성된 1차(primary) 데이터를 수집·등록받아 구축된 데이터베이스를 의미합니다.
반면 2차 데이터베이스라 함은, 이러한 1차 데이터를 분석·통합하여 생성된 고부가가치의 2차 데이터를 제공하는 데이터베이스를 의미합니다.
KOBIC이 제공하는 주요 2차 데이터베이스
아래의 리스트는 KOBIC이 자체적으로 개발 혹은 외부와 협력하여 공동 개발 후 현재 서비스되고 있는 2차 데이터베이스들입니다.
3DIV
암 및 정상 세포/세포주 의 Hi-C(high-throughput chromatin conformation capture) 데이터를 수집하여 검색 결과를 interactive하게 가시화하는 기능을 제공하는 데이터베이스
The 3DIV (3D-genome Interaction Viewer and database) is a database of human Hi-C (high-throughput chromatin conformation capture) data obtained from diverse human cell and tissue types. It provides normalized chromatin interaction frequencies against genomic distance dependent background signals and a dynamic browsing visualization tool for the listed interactions.
Prometheus
새로운 생물종 게놈의 유전자들의 annotation을 기존에 알려진 다른 종들의 게놈정보를 활용하여 수행하는 비교유전체(comparative genomics) 분석 도구
Prometheus is a web-based omics portal that contains more than 17,215 sequences from prokaryotic and eukaryotic genomes. This portal supports interkingdom comparative analyses via a domain architecture-based gene identification system and Gene Search, and users can easily and rapidly identify single or entire gene sets in specific pathways.
BiomeNet
기존에 알려진 생물종들의 gene network 정보를 이용하여 어떠한 생물종에 대해서라도 단백질 서열만으로도 상동성 원리에 기반하여 gene network를 추론할 수 있는 기능적 상호작용 네트워크 분석 서버
BiomeNet is a database of 95 scored networks comprising over 8 million co-functional links, which can build and analyze gene networks for any species with the sequenced genome.
ChimerDB
Fusion gene에 관련된 NGS 데이터의 분석결과 및 논문의 텍스트마이닝/전문가 검증을 통하여 구축된 fusion gene에 대한 종합적인 데이터베이스
ChimerDB is a comprehensive database of fusion genes encompassing analysis of deep sequencing data (ChimerSeq) and text mining of publications (ChimerPub) with extensive manual annotations (ChimerKB).
