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문의사항

Install tool on Bio-express
  • 유형 이용문의
  • 상태답변완료
  • 작성자 w*********
  • 작성일2023-12-05 17:56:30
  • 조회수459

안녕하세요, 

 

최근 Bio-express 를 이용하여, 생물정보분석을 진행 하려고 하는 연구원 중 한사람입니다. 

 

Bio-express에 기본적인 pipeline 과 설치된 tool 이 있는 것으로 확인 됩니다. 

 

제가 커스텀 하여, tool 을 혹여 설치가 가능한지 궁금하며, 가능 하다면 어떻게 하는지

 

불가능하다면 왜 안되는지 설명이 혹시 되는지 문의드립니다.

 

고생하십니다.

  • #문의
  • #tool
  • #Bio-express

첨부파일

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답변

안녕하세요. KOBIC 개발팀입니다.

 

문의주신 내용에 대해 답변드립니다.

 

기본적으로 tool 설치는 시스템 관리를 위해 일반 사용자들의 설치는 지원하지 않습니다.

 

다만, 사용자 정의 프로그램 기능을 지원하고 있습니다.

 

현재 python, bash, R 3가지 스크립트 작성이 가능합니다. 

 

예를 들어 bash 스크립트를 작성하고, 워크벤치에서 캔버스 오른쪽에서서 확인 가능한 설치된 tool 목록에서 사용자가 원하는 툴의 경로를 복사하여 

작성중인 스크립트 내에서 호출이 가능합니다. tool 명령어 실행전후로 데이터를 필터링 한다거나, 형태를 변환하거나 하는 일련의 행위가 가능합니다.

 

작성한 스크립트는 단독으로 사용가능하며, 시스템에 설치되어 있는 분석 tool과 연계하여 파이프라인 형태로도 사용할 수 있습니다.

 

필요한 분석 tool 이 설치되어 있지 않다면 요청해주세요. 내부 검토 후 특이사항이 없을 경우 설치 가능합니다.

 

관련 내용은 매뉴얼에서 확인 가능합니다.

 

궁금하신 점이 해소된 답변이 되었으면 좋겠습니다.

 

더 필요하거나 궁금한 점이 있으시면 지금과 같이 문의사항에 남겨주시거나, cloud_team@kobic.kr로 연락주시기 바랍니다.

 

감사합니다.

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