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문의사항

Cutadapt_pair 및 Star2 관련 질문
  • 유형 이용문의
  • 상태답변완료
  • 작성자 r*********
  • 작성일2024-12-06 11:34:09
  • 조회수35

RNA-Seq 과정 중 Cutadapt_pair와 STAR2 가 안돌아가서 문의드립니다. Cutadapt_pair 노드에서 input에 가지고 있는 raw data를 넣고 option에 adapter read만 Illumina 사의 adapter read로 작성해두었는데 Cutadapt_pair output file에 결과물이 생성이 되지 않습니다. Input 파일이 잘못된것인지 아니면 option에서 quality_trimming_reads까지 같이 봐줘야하는건지 모르겠어서 문의드립니다. 

 

또한 STAR2는 Cutadapt_pair가 input으로 연결되어 있었는데 input 설정을 가지고 있는 raw data file로 변환하여 실행해본 결과 스크립트 실행 시간 0초라고 뜨며 Star2 output file에 결과물이 생성되지 않습니다. 혹시 Star2를 돌리기 위해서 Cutadapt_pair 과정이 필수인건지 궁금합니다. 

  • #문의

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답변

안녕하세요 바이오 익스프레스 개발팀입니다.

 

문의하신 내용을 확인해본 결과 paired-end 데이터의 네이밍 룰과 관련된 문제로 파악되었습니다.

 

관련하여 업데이트가 필요한 사항으로 조치 후 연락드리겠습니다.




그리고 STAR2를 실행하기 위해 Cutadapt 선행을 필수가 아닙니다.

다만, 데이터 품질 및 분석 정확도를 높이기 위해 cutadapt 실행을 권장합니다.

특히, 어댑터 서열이나 저품질 염기가 존재할 가능성이 있으면 cutadapt를 먼저 사용하는 것이 좋습니다.

이러한 이유로 trimming 분석 프로그램 선행을 권장하며, cutadapt가 아닌 다른 trimming 분석 프로그램을 사용하는것도 가능합니다.

 

지속적으로 관심가지고 사용해주셔서 감사합니다.

앞서 말씀드렸듯이 STAR2의 경우 조치 후 연락드리겠습니다.

감사합니다.

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