안녕하세요, 바이오 익스프레스 개발팀입니다.
문의 주신 사항에 대해 아래와 같이 답변드립니다.
1. 바이오 익스프레스에서 가용한 병렬 분산 파이프라인 (GATK Spark, Halvade, ADAM 등) 관련
현재 바이오 익스프레스에서는 GATK-Spark를 활용할 수 있습니다.
CLOSHA 워크벤치의 스크립트 에디터 기능을 통해 Bash 스크립트를 작성하여 실행할 수 있습니다. 아래는 사용 예시 코드입니다.
사용 예시 코드:
/opt/apps/gatk/current HaplotypeCallerSpark \
--java-options "-Xms10g -Xmx10g" \
-I /bioex/input/input.bam \
-O /bioex/output/output.vcf.gz \
-R /bioex/ref/hg38 \
-L /bioex/ref/hg38.interval_list \
-OVI true --emit-ref-confidence GVCF \
--tmp-dir /bioex/tmp \
-- \
--spark-runner LOCAL \
--spark-master local[6] \
1> /bioex/logs/haplo.log \
2> /bioex/logs/haplo.err
리소스 제한 사항:
바이오 익스프레스에서는 분석 작업에 사용할 수 있는 최대 리소스가 6코어, 64GB 메모리로 제한됩니다.
이를 초과하여 자원을 설정할 경우 작업이 강제 종료될 수 있으니 유의하시기 바랍니다.
추가 도구 요청:
Halvade, ADAM 등 다른 도구의 사용이 필요하신 경우, 연구지원 통해 요청해 주시면 검토 후 안내드리겠습니다.
2. 바이오 익스프레스에서 제공하는 도구 목록
현재 바이오 익스프레스에 설치된 분석 도구는 CLOSHA 워크벤치의 Tools 목록에서 확인 가능합니다.
추가로 필요한 도구가 있으시면 요청해 주시면 검토 후 지원 여부를 안내드리겠습니다.
추가로 궁금한 사항이나 요청이 있으시면 언제든지 연락 주십시오.
감사합니다.
바이오 익스프레스 개발팀 드림-
